中共人大原委员长乔石的去世，使中共在1989年“六四”事件中镇压学生和市民，及江泽民踏着民众的鲜血坐上中共总书记位置的罪恶历史再次成为外界关注的一个话题。据披露，乔石在“六四”血案发生后在家里经常唉声叹气，并曾大吼：“镇压学生运动从来都没有好下场。”

6月30日，自由亚洲电台特约评论员高新的文章披露了1989年“六四”之后乔石被剥夺武警指挥权的内幕。
文章表示，“六四”事件后，乔石在处理“六四”参与者的问题上强调要经受得住法律的检验，经受得住历史的检验。
“六四”大逮捕开始后，北京及上海等地曾“从重、从快、从严”杀了一批所谓的“暴乱分子”，最快的从抓人到枪毙只经过了不到十天的“审判程序”。此后，乔石指示政法部门，对“六四”人员的处理必须要经受得住历史的考验、法律的考验。这样才相对控制了滥杀活动。
同时，由于进驻北京的戒严部队相继进入各公安分局和派出所，残酷殴打“六四”被捕人员，乔石接到报告后，亲自要求北京市戒严指挥部下令把部队从专政机关撤出。
1989年9月，乔石在记者招待会上公开表示，对参与“六四”的知识分子绝大部分将不会做法律上的处理。
事后，乔石在例次政治局讨论处理“六四”人员的会议上都是主张从轻的。比如在处理赵紫阳原秘书鲍彤的问题上，乔石是曾经主张仅作中共“党内处理”的。
六四事件被血腥镇压后，乔石夫人的一位亲戚曾对单位内的同事透露：这些日子乔石一回到家里便愁眉不展、唉声叹气，子女们问他什么也不说。最后被子女们逼急了才大吼了一声：“镇压学生运动从来都没有好下场。”
文章又说，这段情节是否真实恐怕永远无法证实。
乔石去世后，有关“六四”是否武力清场，当年中共政治局常委如何表态等爆出多种说法。乔石的亲属向海外媒体披露了一些相关秘闻。
据乔石亲属透露，“六四”后，当时的北京处在悲愤的气氛中，中直机关乃至全北京、全国民众的共识是，决不能让李鹏上位，所以很多人都寄望于乔石。没想到当时政法系统有人发了一封公开信，支持乔石接任中共中央总书记，这反而引起了中共老人们的警觉。在这种情况下，邓小平最后接受几个保守派大佬的推荐，选了江泽民。
江上台后，竭力推行极左路线，反对邓小平的“改革开放”，令邓忍无可忍。因此，1992年邓小平南巡时，向江泽民发出最后通牒：“谁不改革谁下台。”
《江泽民其人》一书披露，同时，邓小平让杨尚昆、万里负责筹备1992 年底的中共“十四大”的“人事班子”，拟定包括总书记在内的新的“人事班子”名单。邓当时还单独会见了乔石、刘华清、叶选平、朱镕基、杨白冰等人，提出想提拔乔石、撤掉江泽民的打算。
因此，当年在北京圈子里有“水（江）落石出”的说法。乔石一直都是江泽民的死对头，江泽民很嫉恨乔石。江在1998年中共“十五大”召开前以年龄原因逼退了乔石。乔石一直主抓政法委，其手中权力使得江泽民忌惮。这也是后来江泽民拚命培植自己的心腹罗干、周永康掌控政法委大权的原因之一。