曾国藩的南京大屠杀
天京解围战失败后，李秀成被“严责革爵”。不久，洪秀全责令他领兵渡江，西袭湖北，意图调走天京的围敌。1862年12月，第一批太平军数万人从天京下关渡江，占含山、巢县、和州。1863年2月底，李秀成率第二批部队渡江，并于3月占浦口，4月占江浦。进入皖北后，太平军受到湘军节节抵御，屡攻不克。进至六安后，正值青黄不接，粮食奇缺，加之清军防堵甚严，李秀成就放弃了原定进军计划，于5月19日撤了六安之围，折往寿州，随即东返天京。

这时，围困天京的湘军已增至3万余人，并于6月13日占领了聚宝门外各石垒。洪秀全又急令李秀成速回天京。6月20日，李秀成率部由九洑洲南渡抵京。在南渡过程中，太平军被湘军炮火打死和因饥饿而死者甚众，渡至南岸进入天京城内的太平军不到一万五千人。6月25日，湘军又攻陷江浦、浦口，30日陷九洑洲，太平军又损失二万余人。至此，长江北岸完全被清军占领。太平军实力进一步被削弱，天京解围的希望也更加渺茫了。与此同时，苏浙战场也在淮军的洋枪队、左宗棠部湘军的进攻下趋于瓦解。
湘军于1863年6月底攻破九洑洲，控制了长江北岸后，鲍超部南渡，扎营神策门(今中央门)外沿江一带。9月，曾国荃部攻占天京城东南的上方桥和城西南的江东桥，11月上旬又连续攻占了城东南的上方门、高桥门、双桥门、七桥瓮以及秣陵关、中和桥，太平军在紫金山西南的要点全部失守。

11月25日，曾国荃进扎城东孝陵卫。这时，湘军已攻陷天京外围的所有城镇要点，天京城只有太平门、神策门尚与外界相通。外援断绝。李秀成于12月21日向洪秀全建议：鉴于湘军壕深垒固，围困甚严，天京内无粮草，外援难至，不如弃城别走。洪秀全拒绝了，太平天国的最后一线希望丧失了。
1864年2月28日，湘军攻占了紫金山巅的天保城。3月2日，曾国荃部进驻太平门、神策门外，完成对天京实现了合围。3月14日，曾国荃部用云梯攻城，但未得逞。从4月开始，湘军在朝阳、神策、金川门外挖掘地道十余处，准备轰塌城墙。太平军一面组织力量从城内对挖，进行破坏，一面构筑月城，以便城墙轰塌后继续组织抵抗。
1864年6月1日，天王洪秀全病逝(一说自杀)，终年51岁。此后，天京人心愈加不稳。幼天王洪天贵福即位，一切军政事务统归忠王李秀成执掌。

7月3日，湘军攻占天京城外最后一个据点地保城(即龙脖子)，从而能够居高临下，监视城内动静。湘军在龙脖子山麓修筑炮台数十座，对城内日夜轰击，压制太平军的炮火，掩护挖掘地道。同时，在龙脖子山麓与城墙间大量填塞芦苇、蒿草，上覆沙土，高与城齐，为攻城铺平道路。半个月后，湘军攻城准备基本完成。
李秀成见湘军攻城在即，于7月18日深夜，选派千余人伪装湘军，冲出城去，企图破坏太平门附近的地道。结果被湘军识破，只得退回城内。
7月19日晨，湘军担任主攻任务的部队齐集太平门外。中午，湘军用地雷轰塌城墙，蜂拥而入。太平军纷纷以枪炮还击，虽给清军以重大杀伤，但没能挡住湘军的攻势。与此同时，湘军水师各营会同陆师夺取了水西、旱西两门。傍晚前后，天京全城各门均为湘军夺占。天京城内守军与入城湘军展开巷战，大部分战死，一部分自焚，十余万人没有一个投降的。
天京的陷落，标志着太平天国运动的失败。

湘军进入天京(今南京)后，见人就杀，见屋就烧，见财物与女子就抢。直杀得天京城内血流成河，尸体涌进长江，几乎使江水不流。据曾国藩记载，湘军“分段搜杀，三日之间毙贼共十余万人。秦淮长河，尸首如麻”，“城内自伪宫逆府以及民房悉付一炷”，“万室焚烧，百物荡尽，而贡院幸存”，“自五代以来，生灵涂炭，殆无愈于今日。”这次屠杀，是历来南京灾难中最惨烈的一次。屠城、焚烧城后，南京连一棵完整的树都找不到了。

上述日屠杀量超过了1937年使用机枪、大炮、炸药的日军。固然现在评价太平天国农民运动有其局限性和残酷性，但是这不应该成为湘军屠杀男女老幼、糟蹋妇女的借口。曾国藩的幕僚赵烈文在《能静居日记》记载：“沿街死尸十之九皆老者。其幼孩未满二三岁者亦斫戮以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下者一人俱无，老者无不负伤，或十余刀，数十刀”。
清人记载：“金陵之役，伏尸百万，秦淮尽赤;号哭之声，震动四野。”所谓伏尸百万，除了战死者，就是曾国藩在城内外屠杀的平民。“皖南及江宁各属，市人肉以相食，或数十里野无耕种，村无炊烟。”显然这次屠杀最保守估计也应该在50万人以上，清人所说的伏尸百万也是有可能的。而屠城和对城市的毁坏程度也是历史之冠。
太平天国强盛时，南京城最多有100万人。可到光绪登极的1875年，人口还不到50万。后来李鸿章署理两江，认为南京城需要百年方可恢复。曾国藩因为在南京的屠杀手段残暴，被人们称为“曾剃头”、“曾屠户”。据说，现在南京小孩夜哭，妈妈说“曾剃头来了”，小孩就不哭了。
曾国藩于1872年在南京去世。六年后，在日本一个叫松井石根的人出生了。在清军的天京屠杀73年后，这个日本人带领着由日本人和朝鲜志愿军组成的军队在南京开始了屠杀。作为职业军人，松井因为发动南京大屠杀，被远东国际军事法庭裁定为甲级战犯。但曾国藩的口碑却从1980年代开始好转，还成为很多中国人赞扬与崇拜的对象。