台灣總統蔡英文周日（5月24日）表示，如果香港情勢一旦生變，台灣可停止部分或全部對港特殊待遇。台灣政界對蔡英文的這一說法表示關注或質疑。台灣朝野各黨對中國人大會議即將審議「港版國安法」同聲予以譴責。台灣陸委會則表示，蔡英文的談話並不是要「放棄香港」，而是對北京示警，政府會更積極協助港人。
 
蔡英文星期天（5月24日）在其臉書上表示和香港人民站在一起。她說，「香港版國安法」嚴重威脅香港的前途。這個法律如果實施，所謂「50年不變」、「港人治港，高度自治」的承諾，也瀕臨破產。她說，依據香港澳門關係條例第60條，香港情勢一旦發生變化，可停止適用該條例一部或全部，希望香港情勢不致走到這一步，也將密切關注後續發展，適時進行必要的應變措施。
 
國民黨質疑
 
蔡英文對於港澳關係條例的說法立即在台灣引發朝野高度關注。台灣總統府副秘書長李俊俋星期一在立法會回答立法委員有關質詢時說，蔡英文是要提醒北京政府，如果強用「港版國安法」，可能有必要從新檢討港澳條例。
 
但是，國民黨黨團質疑，這像是在懲罰港人。國民黨主席江啟臣星期一則表示，沒有港澳條例，如何與港人站在一起？他呼籲民進黨政府對香港問題有所因應，不要讓人覺得去年選舉時大聲挺香港，選後讓人感覺要切割香港，停止港澳條例的使用等於是把香港切割掉。他說，針對港人需要協助的部分，應設法讓港澳條例在人道協助，政治庇護等方面能制度化，法制化。
 
陸委會：不是要「放棄香港」
 
對於上述質疑，台灣陸委會星期一回應說，這並不是要「放棄香港」，而是要讓北京知道，通過「港版國安法」的後果極其嚴重，北京當局切勿一意孤行，讓情勢惡化到不可收拾。
 
陸委會解釋說，港澳條例第60條是指，如果中國的作為讓香港情勢惡化，導致香港的高度自治地位動搖，甚至可能是香港與大陸地區無異，政府將被迫停止該條例部分或全部的適用。陸委會強調，這項規定不只是「情勢變遷條款」，也是保護香港核心價值與人民的「保護條款」。
 
政治庇護人道救援
 
台灣幾個政黨也為「港版國安法」可能給香港帶來空前的動蕩不安與擔心港人安危採取具體行動。
 
國民黨立委陳以信星期一提出港澳條例修正草案，對於港澳居民的政治犯經主管機關認定，排除對未經許可入境台灣的罰則，完善對港澳居民的緊急人道庇護。這項提案已經得到聯署，最快在29日交給委員會討論審查。
 
時代力量黨星期一說，政府應該依照港澳關係條例第18條以及香港規定研擬專案，對於因政治因素而有安全及自由緊急危害的香港居民提供政治庇護及援助。
 
由台北市長柯文哲擔任主席的民眾黨呼籲民進黨政府應該更大力地支持港人。民眾黨表示，該黨已經在本月15日提案修正港澳關係條例第18條，而且在立法院通過一讀，當中明定「港澳民眾因戰爭、種族、宗教、性別、性傾向、特定社會團體或持特定政治意見而離開香港或澳門，而且有充分政黨理由恐懼受迫害，不能受港澳保護或不願返回港澳者，可以向主管機關申請庇護。」
 
朝野各黨齊聲譴責
 
中國人大會議將審議「港版國安法」的消息傳出後，台灣朝野各政黨紛紛發表聲明表示嚴厲譴責。
 
執政的民進黨22日發布的聲明說，「港版國安法」一旦完成立法，將徹底改變香港的命運，讓香港陷入更大的危機；相關做法不僅進一步踐踏香港的法制和自由，更是再度向世界宣告香港的「一國兩制」已死。聲明中說，該法一旦通過，勢必嚴重威脅在港民眾的人身安全和人權，所有人都可能淪為下一個「李明哲」。
 
李明哲是民進黨籍的人權工作者，3年前他入境中國後被「消失」，他被控「顛覆國家政權罪」，被判刑5年，目前被關押在湖南省赤山監獄。
 
對於「港版國安法」，向來被認為對中國大陸較為友善的國民黨也予以譴責。國民黨星期一（5月25日）在聲明中說，支持香港保持民主自主，早日落實雙普選。對數百名香港民眾抗議「港版國安法」被港警拘捕，香港大型抗爭引發的社會不安表達由衷關切。國民黨呼籲中共當局不要誤判「港版國安法」事件可能引發的政治與經濟衝擊；中共黨內必須正視，香港的民主和中國大陸的民主顯有不同，必須充分溝通才能有效磨合。國民黨強調台灣與香港不能相提並論，堅決反對「一國兩制」。
 
民眾黨主席柯文哲星期天表示，「香港國安法」此舉無疑會加深台灣人民討厭中國的程度，反送中事件還歷歷在目，北京當局不應重複失敗經驗，再重蹈覆轍。
 
他說，香港回歸中國不到23年，中國人大卻已經多次主動對「基本法」進行釋法，做出與香港終審法院截然不同的解釋，直接干預香港自治權；現在傳出中國要自行訂定「香港國安法」，讓人擔心會直接壓迫香港的言論，集會，新聞等自由。他說，所謂」馬照跑，舞照跳，五十年不變」的承諾，顯然已經幻滅，更進一步讓人對中國做出的承諾感到懷疑。
 
時代力量黨團星期一呼籲立法院長游錫堃，儘快召集黨團協商，研擬國會共同聲明，譴責中共蠻橫暴行。