关外的游牧族群，特别怕患上天花。顺治因患天花而死，康熙也出过天花，脸上留下麻子。清朝在塞外建避暑山庄、木兰围场，原因之一是蒙古贵族可以不入京朝觐，减少出天花的机会。他破除因循，推广种痘，命先给自己子女及宫中女子种痘，还给蒙古49旗及喀尔喀蒙古部民种痘，这就使千万人因种痘而免去患天花死亡或不死而留下麻子的悲剧。

康熙帝命耶稣会士巴多明将西洋《人体解剖学》书籍翻译成满文、汉文。他曾命将一只冬眠的熊进行解剖，并亲自参加。

康熙还喜爱研习自然科学。他学习自然科学的一个动因，是曾经因不懂自然科学而在处理政事时遇到困难。钦天监杨光先状告汤若望，朝廷会议展开了一场关于天算历法的大争论。当时，康熙命各位大臣在午门前观测日影，但在九卿中没有一个懂得天文历法的，康熙自己也不懂。他想：自己不懂，怎么能判断是非呢？因此努力学习。

康熙二十七年（1688年）十一月二十八日，白晋、张诚等6位法国科学家在乾清宫受到康熙帝的召见，他们献上了从法国带来的30件科技仪器和书籍作见面礼。这些非同寻常的礼品，令康熙帝“天颜喜悦”，当即决定让他们入宫，担任自己的科学顾问。从此开始了外国科学家在清朝宫廷从事科学活动长达数十年的局面。

白晋等人入宫后，与康熙相处很融洽，工作也很顺利。他们对康熙热衷科学的态度给予了高度评价，曾把他们的见闻写在给路易十四（1643～1715年）的报告中。1698年巴黎出版的白晋著《中国皇帝康熙传》中有过如下记述：

康熙带着极大的兴趣学习西方科学，每天都要花几个小时同我们在一起，白天和晚上还要用更多的时间自学。他不喜欢娇生惯养和游手好闲，常常是起早贪黑。尽管我们谨慎地早早就来到宫中，但他还是经常在我们到达之前就准备好了，他急于向我们请教一些他已经做过的一些习题，或者是向我们提出一些新的问题……