关于〈富春山居图〉卷的真伪问题，清乾隆年间曾有过所谓“富春疑案”。清高宗弘历于乾隆二十九年(1674年)专门写了一篇六百字左右的记，叙述该案始末，并一锤定音。其大意是乾隆十年(1745年)冬，“偶得子久〈山居图〉，笔墨苍古，的系真迹”。但同年夏，又从沈德潜进呈的诗文稿中，看到他的两则〈富春山居图〉跋，知道安岐家中还藏有一卷名为〈富春山居图〉的画。次年冬，安氏家道中落，将〈富春山居图〉等旧藏求售于大学士、清宗室傅恒，后由傅恒介绍卖给“内府”。弘历“剪烛粗观，则居然子久〈富春山居图〉也，五跋与德潜文吻合，偶忆董跋，与予旧题所谓山居图者同，则命内侍出旧图视之，果同。次日命梁诗正等辨其真伪，乃咸以旧为真，新为伪”。进而说“德潜、高士奇、王鸿绪辈之侈赏鉴之精，贾直之重，以为豪举者，均误也。富春、山居，本属一图，向之题山居者，遗富春二字，故虽真而人疑其非真耳”。但又不得不承认〈富春山居图〉“有古香清韵”，“非近日俗工所能为”。便用二千金买进，允其编入〈石渠宝笈〉次等。弘历先入为主，也许是“金口”早开，臣下又惟皇上之好为准，所以虽然两画对照作过一番比较，仍然真伪颠倒，将〈富春山居图〉定为“赝鼎无疑”，而将〈山居图〉定为真迹，入〈石渠宝笈初编〉。此时，连沈德潜也只得顺着“圣论”说“山居即富春图”。〈山居图〉即〈子明卷〉，款题“子明隐君将归钱唐，需画山居景，图此赠别。大痴道人公望至元戊寅秋”。前隔水亦有董其昌跋，两跋相比，此跋缺少“忆长安”以下55字，幅末有明成化年间吴县刘玨(字廷美)鉴藏记，拖尾有邹之麟短句题识和孔谔跋文。弘历看到沈德潜的两则跋文后，也曾对〈山居图〉产生过疑虑，“姑俟他日之辨”，也考证出子明即任仁发。任仁发(1255～1327)，字子明，上海青浦人，和是同一时期的画家，善画马，又是水利专家，因修河道有功，累官至浙东道宣慰副使，一直为官，但无隐居记载。真伪两卷摆在弘历面前，他最终还是以假为真，并于乾隆十二年(1747年)题诗一首：“高王目迷何足奇，压倒德潜谈天口。我非博古侈精鉴，是是还应别否否。”讥讽沈德潜的“误鉴”。从此他对〈山居图〉格外珍爱，不仅常在宫中展阅，出外巡游时也随身携带。1745年至1794年的50年间，乾隆在画上题跋54次，长长短短，印迹累累，凡空隙处，几乎为之充塞，这对画面的损害无疑是很严重的。

〈富春山居图〉局部(子明卷)

可悲的是，乾隆一生为之倾倒的画作却并非亲笔，“笑予赤水求元珠，不识元珠吾固有”。这是弘历自以为花了二千两银子买了伪作后写的自嘲诗句。他除了命侍臣梁诗正在〈富春山居图〉上写了一段他的“御识”外，没有再留下“御笔”，使这一不朽巨作得以完好保持原有的空旷江景，真可谓不幸中之大幸。而独具慧眼的沈德潜不得不违心地谓伪为真，他在〈子明卷〉后题诗说：“……圣人得此屡评品，探诀亭毒穷端倪。江山万里入毫楮，大造在手非关思。敕命小臣题纸尾，迫窘诘屈安能为。昔年曾跋〈富春卷〉，今阅此本俯仰兴继咨。天章在上敬赓和，秋蛇春蚓敢望岣嵝山尖碑。”把自己被迫“敬赓和”的实情隐蔽地告诉后人。

弘历的“圣论”维持了近两百年，终于被近人推翻。吴氏经过研究、考订，于1939年在〈剩山图〉前隔水题上好友张雨(号句曲外史)的题辞“山川浑厚，草木华滋”八个篆书大字，并以小字真书题“画苑墨皇大痴第一神品富春山图。己卯元日书句曲题辞于上，秘藏”。从此又挑起了一场新的“富春公案”。经过美术界几十年的争论，最终基本取得一致意见，认为〈无用师卷〉为真，〈子明卷〉为伪，但也公认〈子明卷〉具有很高的艺术价值及历史价值。
最终确定〈无用师卷〉为真迹的是著名鉴定家徐邦达先生，他于1973年在〈故宫博物院院刊〉第5期发表〈《富春山居图》真伪考辨〉一文，认为〈无用师卷〉为真迹，〈子明卷〉是赝品。主要依据是：一是画面本身。构图“三远”(平远、深远、高远)俱备，大多用干笔勾皴，极少渲染，披纷苍劲，具有草篆奇籀的笔势，又画中多复笔、改笔，与自题中“逐旋填”语相吻合。二是题跋。除自跋外，他人题跋多出自名家之手，内容丰富，紧扣原画，而伪本则内容空泛、贫乏，离题太远。真本的题跋更提供了一条明晰的流传线索。三是收藏记录和印记。自元代始就有真本的评价或流传记录，明、清记述甚详，且与题跋相符。鉴藏者的印记与记述相佐证。画幅上方的吴之矩骑缝印是最有力的凭证。